La comuna de Cisnes, es la tercera en extensión a nivel regional, con una superficie total de 17.450 Km2. correspondientes al 14,7% del territorio regional. Sin embargo, la extensión en Km2 no significa mucho, ya que más de la mitad del territorio escapa a la gestión comunal, correspondientes a zonas no habitadas, territorios fiscales de reservas y altas cumbres.

La comuna al estar ubicada en el límite noroeste de la Región de Aysén, cuenta con una posición estratégica para el desarrollo de las comunicaciones y transporte tanto terrestre como marítima.

El territorio comunal se puede clasificar en dos áreas, la continental andina y la insular. La primera de estas áreas comprende los sectores donde se emplazan las localidades de La Junta, Puerto Puyuhuapi y Puerto Cisnes, siendo un sector de cordillera andina de altas cumbres surcadas por profundos valles. Por su parte, el área insular está compuesta por la cordillera de la costa, compuesta por un conjunto mayor 45 importante. En este sector se ubican los pobladores de Raúl Marín, Melimoyu, Gala y Gaviota.

En el territorio comunal existen dos grandes cuencas influenciadas por la Cordillera Queulat, las cuales son:

CUENCA DEL RÍO PALENA
Esta cuenca abarca una superficie cercana a los 7.280 Km2., alcanzando un recorrido de 240 Km. En el sector que compete a la comuna de Cisnes, destacan en sector de La Junta; ya que en dicho sector se encuentra la confluencia del río Palena con el Rosselot, pero dicha cuenca abarca desde lago Verde por el Este, lago que alimenta al río Figueroa y a su vez al lago y río Rosselot. Todo este sector conforma una gran cuenca de desagüe Este-Oeste que termina con la desembocadura del río Palena en Puerto Raúl Marín Balmaceda.

CUENCA DEL RIO CISNES
Esta cuenca fluvial de Circulación Este – Oeste abarca un un territorio que comprende desde el Sector de Alto río Cisnes (Estancia Río Cisnes), los sectores de Tapera, Cisnes Medio, Villa Amengual y Puerto Cisnes, perteneciendo a la comuna de Cisnes sus últimos 40 Kms. de recorrido de río Cisnes. Hacia su desembocadura el río recibe importantes afluentes del lago Copa, Laguna Escondida y río Sur o María.

Estas dos cuencas han resultado fundamentales al momento de influenciar el poblamiento del territorio; ya que se han transformado en ejes de poblamiento campesino, han generado caminos y en sus desembocaduras se han instalado dos de las 8 localidades que componen la comuna, siendo Puerto Cisnes la cabecera comunal.